“最强”新冠变异株–Omicron

写在前面的
前段时间忙于几个UNSGM项目和博士开题，已经有一段时间没有空闲时间撰写推送。好在奋战两个月后，算是把这些事情给做完了。继续开始我们的推送。也是在前几天，各种关于新出现的新冠变异株Omicron的新闻、推送铺天盖地席卷我的各类终端。各大媒体都在疯狂向普通老百姓输出忧虑。我看这里面大多数把Omicron描绘得及其危险的推送都是财经类推送，嗯！很正常，利用Omicron的到来，片面参考部分流行病学、病毒学专家言论，夸大描述变异株的危险性，从而影响股市走向，最后收割一波韭菜！当然，说突变株不危险那更是瞎扯淡。因此，需要一种理性的声音来正确地解读这个新变异株Omicron.

什么是担忧的变异株(VOC)

        要详细科普Omicron，首先需要让各位清晰地理解世卫组织(WHO)定义的令人担忧的变异株(SARS-CoV-2 Variants of Concerned, VOC)是什么？自从2019年12月SARS-CoV-2爆发至今，该病毒已经发生了许多变异。有一群专门研究病毒遗传演化的专家建立了一套SARS-CoV-2遗传谱系分类系统(Pango lineages)为每一个被全基因组测序后的SARS-CoV-2毒株建立系统发育树从而定义它所属的谱系（说人话就是给每个SARS-CoV-2个体排辈分、排族谱）。事实上，截止目前SARS-CoV-2已经产生了超过2万个谱系了。但是为什么经常在新闻或者推送中只能看见Alpha, Beta, Delta及现在的Omicron突变株呢？这得归功于世卫组织(WHO)和一些默默付出的病毒学专家们。其实，大家耳熟能详的新冠变异株Alpha, Beta, Delta等在真实的分类谱系中根本不叫这个名。他们分别属于B.1.1.7，B.1.351及B.1.617.2几大谱系。其中Alpha变异株中还包括了多种Q.x谱系，Delta变异株中还包括40多种AY.x谱系。如果所有的新闻媒体都用这些晦涩的字符串表征这些突变株，很难利于信息的高效传递。因此，WHO联合一些病毒学专家从这2万多个谱系中挑选了十几个谱系，为这些谱系取了以希腊字母为名的昵称(Alpha，Beta, Delta，Eta等)。而这十几个能被赋予希腊字母名的SARS-CoV-2谱系一定是有依据的。根据WHO最新公开的新冠病毒变异株定义准则https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/，当某一突变体在多个国家被检测且证明已经造成不小的传播时，该突变将被定义为值得关注的变异株(Variants of Interested, VOI). 当已经被定义为值得关注的突变株(VOI)又具备如下三个准则之一时，已被定义为VOI的突变株危险程度升级，将被新定义为令人担忧的突变株(Variants of Concerned, VOC).
1.传染性显著增加;
2.病毒毒力增强或临床症状改变;
3.公共卫生中使用的疫苗或治疗方式等方法的有效性下降;
此外，除了VOI和VOC，还有一类被称作VUM (Variants Under Monitoring)的突变体，这些突变体仅仅只是有一些迹象表明它可能在未来构成风险，因此值得被监测。在VOI, VOC, VUM中VOC是最危险、最严重的。当然，随着时间的变化已经被定义为VOC的病毒可能因为传播力度下降会被降级为VOI等，也可能一些早期被定义为VUM的突变体在未来传播显著增加被新定义为VOC。这个分类系统是动态变化的。截止目前，总共有5种突变株属于VOC,他们分别是Alpha、Beta、Gamma、Delta及最近新出现的Omicron.

Omicron的由来

        Omicron突变株是2021年11月11日首次在南非检测到的SARS-CoV-2突变体。下面的一幅图显示在全球水平下，每周主要检出的突变体类型及占比。图中被我标出红色和蓝色的部分分别对应Alpha和Delta突变体。可以明显看出中两个突变体在分别在过去和当前占据了全球新冠病毒传播的主要部分。夹杂在二者之间的是另外一个VOC Gamma突变体，相比于Alpha和Delta突变体，Gamma突变体在全球的传播并没有持续特别久，但是它仍然被定义为了令人担忧的突变体 (VOC)。而目前的Omicron还只能蛰伏于这幅图的右下方小角落。但是这并不代表它未来不会替代Alpha或Delta的成为未来主要传播群体。另外，当下也说明，当前在全球范围内，主要还是Delta在传播！对于Omicron更重要的是防止其传播，对于Delta更重要的是检测其患者！因此，目前新闻里公布的以色列、英国美国等国家停止对南非开通航班的主要原因是防止Omicron传播，并不是Omicron已经传播很严重了。

        截至目前，总共有8个国家检测到了Omicron的传播，这些国家主要分布在西欧、非洲南部和大洋洲。

Omicron的变异及临床特征

        通过对Omicron突变株基因组分析，总共发现该突变体在全基因组范围内有45个突变，其中Spike基因上存在29个突变。这是S蛋白上发现较多变异的谱系之一。下面图描绘的是Omicron全基因组水平变异。

        任何脱离了临床医学与循证医学的研究均不能称之为具有权威性和可靠性的研究。由于从Omicron的首次发现到今天，总共不到一个月时间。因此并没有全面权威的临床医学研究证明Omicron具有更强的毒力。早期大量新闻充斥着Omicron的高度危险性，释放了大量贩卖恐慌的信号。当我追踪查阅了有关Omicron的临床报到后，发现似乎此变异株并没有新闻报到中那么危险。根据此变异株的吹哨人–南非医学协会主席Dr. Angelique Coetzee的报道，感染Omicron的患者主要出现乏力、疲劳、喉咙发痒等症状，但是这些症状基本持续2~3天即可好转。相比于Delta毒株的高死亡率，Omicron似乎并没有死亡率高这一特征。
       此外，由于Omicron基因组存在较多突变，突变多不一定代表病毒强大。两种关键突变N679K和P681H发生于由南开大学团队鉴定的Furin位点附近。容易提高病毒进入细胞的能力，从而使得病毒的侵染性增强。间接增强了其传染性！这也是为什么Omicron突变体从发现到传播再到升级为VOC是迄今为止最快的变异株！

Omicron的影响

        根据国家新型冠状病毒肺炎防控方案内容中指定的新冠核酸检测引物探针(靶向ORF1ab和N基因)信息，Omicron突变体能被国家推荐的核酸检测引物探针有效检测。尽管香港地区存在两例境外输入的Omicron病例，但是目前国内零散起伏的疫情主要是Delta突变体引起。个人认为目前中国对抗疫情的核心仍然是内控Delta，外防Omicron。

写在后面的
近期几个重要任务算是初步完成。接下来准备将工作重心放在新冠基因组研究上。