科研实践

仪器压痕技术作为一种最通用、最实用的材料力学性能检测手段，得到了广泛的发展和应用。这种方法特别适用于那些很难使用从试样中获得的应力应变数据来实验确定力学性能的应用。精确求解深度传感…

听说你想画地图？         做流行病学调查或者研究细菌、病毒传播路径时通常会用地图可视化其不同地区的严重程度或传播途径。对于不少非生物…

偶然发现的一个好公众号 写在前面的 昨天晚上偶然发现我的朋友Star了一个推文，当时也是无意点了进去。因为一开始也不知道这是啥。之后我发现，这个不是讲系统发生分析的公众号吗？而且形…

重复序列挖掘          这次就写一个精简版本吧。毕竟程序经过了测试是成功的，可以挖掘基因组上任意长度的重复序列，但是目前还…

    如下图。假期在外，总被别人误认为是程序猿或者玩电竞的。其实我只是一只生信猿。不知各位做生信的朋友是否也遇到过这种情况？

抗生素在如今的社会中已经得到广泛的应用，那么抗生素在细菌中发挥作用的机理是怎样的呢？本篇综述主要叙述了抗生素对于细菌生长的影响的三个方面。 抗生素治疗的靶点 (一) &n…

背景： 2019年在中国武汉的新冠疫情，导致了非常严重的呼吸道疾病。在2020年1月16日，武汉华南海鲜市场最早出现的疫情已经导致了中国2761人的感染和80人的死亡，以及世界上十…

第三代测序在新冠检测中的应用写在前面的前期关于这一系列的推送都是基于NGS(next-generation sequencing)技术。随着测序技术的更新，第三代测序技术(thir…

“最强”新冠变异株–Omicron写在前面的前段时间忙于几个UNSGM项目和博士开题，已经有一段时间没有空闲时间撰写推送。好在奋战两个月后，算是把这些事情给做完了。继续…

写在前面的 宏基因组（宏转录组）测序作为一种检测临床样本未知病原菌的方法，同样在新型冠状病毒全长序列的获得过程中发挥了非常重要的作用。和靶向测序方法相比，基于宏基因组测序（mNGS…

01 实验背景 肺部感染是世界范围内死亡和发病的一个主要原因。混合型肺部感染的风险很高，特别是免疫功能低下的患者。混合型肺部感染患者可能有不同的抗生素谱，临床表现相较于单一细菌性肺…

走过的路         从接触生物信息学到现在已经两年了，回想这两年来自己走过的路可谓是磕磕绊绊。由于我从接触生物信息学到现在基本没有人指…

    哈罗，大家好，我是生信初学者小Q，最近跟着师父学Linux，叫什么好了，暂且文章里面叫师父吧，其实是比我小很多的学霸一枚，吾师道也，夫庸知其年之先后生于…

此文仅献给已能按照官网指导熟练下载生信软件的童鞋们，之所以这样说，是因为“ 万丈高楼平地起 ”——没有基础的建设，再高的楼也是空中楼阁。不论生信学习还是人生旅途，这句话勉励着前行的…

基于不同蛋白质序列的系统发育分子表明，蝙蝠中SL-CoV和人和果子狸中的SARS-CoV应该区别于其他组CoV放在一个单独的亚组G2b之中，G2b组在S蛋白的N端区域展示出差异。 …

             昨天师姐想把本地Blast输出的结果文件回溯到megahit输出的拼接数据中抓取目标…

IgG历险记         大家好，我的名字叫免疫球蛋白G，我还有一个洋气的英文名字叫IgG，我们IgG一共有四兄弟，我是老大IgG1，还…

研究摘要         生物多样性如何决定生态系统功能水平是生态学领域长期以来的核心议题之一。物种多样性概念由多维度的特征组成，除物种数量…

祝愿各位朋友中秋快乐！

        最近一段时间复习免疫学期中考试，以及和Соня共同完成了联合国第二轮项目，所以一直没有更新公众号，本打算这一期更新宏基因组分…

全球变暖与大气微生物组写在前面的过去的国庆假期里，我最大的感受就是热。尽管武汉市曾经被称为中国的四大火炉之一，但是10月初期气温还能超过30度，这的确属于不寻常气候。国庆期间，伴随…

对外生信教学 写在前面的 自从成为基因组所生信公众号宇宙实验媛的主编后我主要是在这个公众号上转发自己发在宇宙实验媛上的原创推文。很久没有在这上面写自己的原创推文了，最近也是很有趣事…

生信小Vir祝您牛年大吉，科研顺利，成果多发！更重要的是身体健康！

对外生信教学 写在前面的 这周五就要硕士开题答辩了，不过日常对外教学还是要进行的。第五节课的时候我发现我忘记教Shs如何过滤低质量序列了，所以这节课补讲一下。 教学准备的感悟 之前…

对外生信教学 写在前面的 马上就要硕士开题答辩了，最近忙着写开题报告和PPT。不过硕士要求讲8分钟，我在犯愁8分钟如何能讲完我要做的东西。归纳简洁能力还是不够啊。偶尔写个推文放松放…

对外生信教学 写在前面的 UNSGM项目今天刚刚结束，就开始赶紧进行对外教学了。其实录课已经录到第六节课了。但是这似乎是第三节的课后推文。看来我还得加快推文速度啊。虽然这段时间非常…

对外生信教学 写在前面的这次是结课内容了，对Shs的教学算是结束一个段落了。最近去华农做了一次学术报告，发现其他人做的确实很好，打心底说是真的很好。在这之中发现了自己的不足，也找到…

对外生信教学 写在前面的 经过这几天教学，我发现我的教学方法确实是有效的。虽然Shs学的慢，但是他好歹还是逐渐学会了。不过说句心里话，对于巴基斯坦人来说能这样做科研已经很不错了。现…

         每一个生物学家都可以是一个出色的音乐学家，虽然我们可能不懂音乐，但是这不能阻止我们创造音乐，毕竟生物就是一个超越…

I ORIGINS写在前面的还有几个小时马上就要到2022年了，此刻大家可能都跟亲朋好友在一起小聚。不过在这种氛围下也给我带来了一种别有的宁静和舒适感。安静的实验室给了一份静谧深邃…

生命科学的分布式计算与游戏写在前面的上一篇此专题推送简介了一部融合了分子生物学、哲学、宗教的科幻电影。电影作为一种现代艺术形式能以高信息度的方式呈现创造者想传达的理念和信息。电脑游…

从PCR结果到三进制计算机的思考写在前面的因为生命科学中的底层代码专题本身是一类具有科学哲学思想类型的专题，在科学哲学这方面我也是刚涉足，也谈不上专业。因此这一类推送，我并不会聚焦…

数据的动态可视化         当前生物科学领域已经产生了相当量的大数据。合理利用数据、完美可视化自己分析的数据已成为帮助进行高质量科研汇…

在SARS的爆发过程中发现羟氯喹对于体外抑制SARS-CoV的活性。 羟氯喹和氯喹具有相似的作用机制，但是作用机制尚不完全清楚。首先，药物可以改变细胞膜的PH，进而抑制病毒和细胞的…

             今日偶然听云龙兄说他写了一个拼接序列的脚本。我一心血来潮也想将这个在R语言上实现。随…

写在前面： 蜱传脑炎病毒（TBEV）属于黄病毒科黄病毒属，是一种虫媒传播病毒，广泛存在于亚欧大陆，主要通过蜱虫叮咬传播给人类或其他动物。目前，TBEV的基因序列主要通过宿主为蜱虫的…

理性看待二氧化碳合成淀粉研究写在前面的最近我的朋友圈和信息终端的新闻推送都在火热报道关于中国科学家研究出二氧化碳合成淀粉这一原创性研究成果。这些推送中大部分来自于一些非科研界的媒体…

困难的噬菌体基因组分类写在前面的噬菌体分类是我在科研之余遐想较多的一个科学问题。与其他病毒分类不同，噬菌体分类在相比之下明显更困难。我在读研时尝试将葡萄球菌属的各种具有完整基因组序…

超级细菌与生命科学哲学的联动：噬菌体辅助细菌感染写在前面的伴随着抗生素过度使用而产生的超级耐药菌越来越多，噬菌体曾一度被科学家认为是替代抗生素最佳的生物制剂。然而随着临床治疗案例的…

超级细菌与病原检测的联动：噬菌体辅助病原菌检测写在前面经过多期关于超级耐药细菌的推送，我们知道噬菌体作为细菌病毒，能够专一且有效地杀死目标细菌，在耐药细菌感染治疗中具有先天的优势，…

教师节快乐 祝各位老师身体健康、基金高中、文章多多、硕果累累！

Linux源的管理写在前面的本期是纯技术分享。近期我发现自己的Linux系统计算机已经有很久没有整理过桌面了。想换一个桌面管理系统顺便把之前堆积的临时文件进行一些清理。原本这个过程…

用R语言可视化Sanger测序峰图写在前面的最近我师妹天天倒腾一个看峰图的软件。我很是纳闷，她这个软件倒腾过去倒腾过来干啥。跟她打听之后我才知道原来师妹上周和上上周做了很多咽拭子样…

难缠的GD模块写在前面的最近因为项目需求，需要利用Perl语言的图形化模块以方便地输出Perl程序处理数据后的数据景观概览。由于Perl语言最初是为了更好地处理文本数据而被开发的脚…

   目前的基因组组装软件甚多，像常用的SPAdes、megahit、SOAPdenovo2、IDBA等。基因组的组装分为基因有参基因组组装和无参基因组组装（d…

                 这周病毒所的生物信息学课上老师简单讲了一下perl语言编…

关于公众号升级改进通知背景因为多个成员的加入，公众号“生信小Vir”将进行升级改造，升级后公众号更名为“危生物组”。原来分享生物信息学知识、技术的内容继续保持更新。同时还新增了一些…

写在前面： 目前已经有越来越多的证据表明微生物和人类的健康有着密不可分的关系，尤其是近年来肠道微生物菌群研究的发展，使得越来越多的重要微生物菌群被发现。但是，根据相关推算，仍有更多…

服务器非root权限安装R         Linux系统通常会自带Perl和python，但是一般情况下不会自带R语言。虽然绝大多数时候R…

        为了日后实验室数据的科学管理与数据平台的搭建。我开始在今天正式进军数据库的学习。在众多数据库中我选择了MySQL/Maria…

专题一 超级细菌概要 写在前面 近日，正在美国蔓延的超级真菌“多重耐药耳念珠菌”已经导致4人死亡！对于这种超级真菌的感染，目前没有有效的药物治疗。但是并不是所有的耳念珠菌都是超级真…

专题四：改进型的噬菌体对抗超级细菌写在前面上一期推送简单介绍了噬菌体特性及利用噬菌体抑制或杀死多重耐药菌的临床治疗事例。相比于裂解酶，噬菌体应用于治疗细菌感染的最大优势是能适应于多…

细菌的质粒适应度代价写在前面的最近参与其他项目而疏于推送。本期推送回到超级细菌专题上。之前的本专题相关推送似乎都在映射当前超级细菌的危害、一些噬菌体也可以辅助细菌的感染。因此，本期…

噬菌体在COVID-19临床治疗中的应用写在前面的前面有关噬菌体与细菌互作研究的推送似乎都反映了噬菌体不一定在超级细菌治疗中具有积极作用。如果从辨证的角度看待任何细菌感染治疗制剂，…

专题三 对抗超级细菌的利器-噬菌体疗法 写在前面       上一期关于超级细菌的推送简要介绍了噬菌体裂解酶的特性、改造及其对抗超级细菌的应用。上一期…

噬菌体对宿主的影响写在前面的自从超级耐药菌广泛出现后，噬菌体重新回到临床医学视角中。如今在东欧以格鲁吉亚、波兰为首的国家已经大面积推广噬菌体治疗。似乎，目前有这样一种观点正逐渐成为…

专题二 对抗超级细菌的利器-噬菌体裂解酶  写在前面 上一期关于超级细菌的推送简要阐述了当前除新冠疫情以外，多重耐药细菌和真菌是引起人类疾病和死亡的重要因素。其中超级细菌…

专题(五): 噬菌体在动植物病原菌感染防治中的应用写在前面上一期关于超级细菌系列专题的推送简单介绍了目前噬菌体治疗超级细菌感染的新方法、新角度，同时在之前的推送中我们也讲到把噬菌体…

噬菌体治疗对抗超级细菌的挑战-噬菌体耐受性写在前面经过前面几期关于超级耐药细菌专题的介绍，我们知道了噬菌体治疗细菌感染具有广阔的应用前景。但是随着噬菌体治疗应用案例的增加，研究人员…

SARS-CoV-2低丰度样本的RT-qPCR方法介绍        随着SARS-CoV-2的广泛传播，各种检测新冠病毒的方法层出不穷。尽…

病原检测专题(二)：新冠POCT检测路在何方写在前面的最近世卫组织WHO发布的新闻报告中提出，力争2022年结束COVID-19大流行。发布此报告的WHO卫生紧急项目技术主管玛丽亚…

FS DNA lib Prep kit跨平台高保真测序写在前面的之所以想到开这样一个专题，主要原因是我跟我的师妹都有一个课题涉及了建立高效稳健的病原多组学研究标准化方法。既然是建立…

引言 蝙蝠种群庞大，数量极多，是唯一一种能够飞行的哺乳类动物，由于蝙蝠特殊的生活习性，携带了许多病毒。其中有几种已经引起了非常严重的人类疾病。如尼帕病毒，埃博拉出血热病毒等。 蝙蝠…

关于这篇文章： 在去年爆发的新冠疫情，造成了世界上不止是中国的极大损失，疫情爆发以来，关于病毒的朔源问题，引起了极大地重视，中国科学院武汉病毒研究所石正丽老师的研究团队证明SARS…

氨基酸的营养不良已经影响到了世界上大约一百万人的生活，并且增加了死亡率。在大多数情况下，氨基酸性营养不良和腹泻与肠炎联系在一起。研究发现ACE2是调控RAS肾素血管紧张素系统的关键…

        最近和Соня共同忙于准种进化分析，从上一篇的推文的数学模型中可以看出DNA病毒在复制过程中也可以产生类似于准种的基因组群体…

        做完SNP/SNV Calling后会输出如下带有坐标信息及突变信息的文件 上图中第二列是SNP/SNV在参考基因组上对应的…

如果我们在NCBI批量下载fasta数据，一般都是整合在一起的序列，这样会对我们的下游分析，比如基因预测、注释等带来麻烦。一条一条的单独下载fasta序列又会加大工作量，因此掌握在…

浅谈SARS-CoV-2基因组测序写在前面的由于全球COVID-19疫情的持续且越来越严重。使用大规模测序监测SARS-CoV-2的流行已经成为一种常规手段。然而在SARS-CoV…

宏转录组 vs 扩增子测序写在前面的上一次专题详细比较了特异性提高样本中目的病原（SARS-CoV-2）丰度的两种测序方法。扩增子测序（提高SARS-CoV-2的绝对丰度）和目标序…

目标序列捕获测序 VS 扩增子测序写在前面的上一次专题针对如何更有效地对SARS-CoV-2进行更有效的全基因组测序，简要介绍了目前两种常用的方法Targeted Capture …

SARS-CoV2的S蛋白 SARS-CoV2属于核糖病毒属，巢状病毒目，冠状病毒亚目，冠状病毒科，原冠状病毒亚科，β冠状病毒属。 SARS-CoV2有四个结构蛋白：S蛋白、包膜蛋…

                 昨天师姐在她的研究过程中遇到了一个小小的困难，这个小小的…

震惊！挖掘了5250篇生命科学领域的文献，我发现了… 本篇推文内容很长，望读者们耐心阅读         今年寒假我没有回家，依然留守科学院…

实验目的： 在实验之余的时间内，我闲着无聊试着比较了一下常用细菌基因组核酸提取过程中破碎珠和溶菌酶对于金黄色葡萄球菌细胞壁的破碎效果。用破碎珠和溶菌酶分别处理金黄色葡萄球菌样本。 …

学习感悟：编程专题 这段时间，趁老师休假，实验室也没有多少人，我学习了一些python编程相关知识。加上自己本身经常用Perl语言编写一些较复杂的程序，心有感触。遂写下这次与编程相…

僵尸进程         使用Linux快两年半了，前天是第一次遇到僵尸进程。        在超算…

        新手初学Linux总会云里雾里，甚至在还没有搞清楚这个系统如何操作的时候就因失误让系统非正常报错。今晚我恰好因为自己的失误让…

写在前面的疫情爆发至今，仍然没有得到很好的控制。机场，车站一些人流量大地方的疫情防控仍然面临着很大的挑战。基于qPCR从采样到出检测报告需要较长的时间（至少需要6个小时）。考虑到人…

    中国湖北省武汉市卫生委员会于2019年6月30日首次报告武汉市集中性肺炎病例。由疾病控制和预防中心(CDC)和中国卫生部门后来确定并宣布，导致武汉市肺炎…

从产生这个想法到付之行动用时1个月。 本人系中国科学院武汉病毒研究所在读研究生。今后我和同伴们将以个人视角，分享病毒与细菌生物信息学方面的知识与技能。主要涉及生物信息学背景知识（涵…

什么是Genbank文件？如何利用它？         当前生物信息学分析中对Genbank文件的使用好像并不是很多。（至少我的研究领域中很…

A Rare Error Reporting while using local BLAST SoftwarePrefaceThe NCBI provide the command…

Aspera: Moving the bio-omics data at maximum speedPrefaceHere, I want to develop this Subi…

How to archive an unannotated motif sequence via online method from NCBIPrefaceThe sequenc…

转自公众号：universebiologygirlhttp://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1NDkzOTk2MQ==&mid=22474854…

转自公众号：universebiologygirlhttp://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1NDkzOTk2MQ==&mid=22474851…

转自公众号：universebiologygirlhttp://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1NDkzOTk2MQ==&mid=22474855…

转自公众号：universebiologygirlhttp://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1NDkzOTk2MQ==&mid=22474852…

转自公众号：universebiologygirlhttp://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1NDkzOTk2MQ==&mid=22474876…

转自公众号：universebiologygirlhttp://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1NDkzOTk2MQ==&mid=22474870…

转自公众号：universebiologygirlhttp://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1NDkzOTk2MQ==&mid=22474875…

转自公众号：universebiologygirlhttp://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1NDkzOTk2MQ==&mid=22474846…

转自公众号：universebiologygirlhttp://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1NDkzOTk2MQ==&mid=22474874…

转自公众号：universebiologygirlhttp://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1NDkzOTk2MQ==&mid=22474847…

高熵和中等熵合金（HEA和MEA）是一类新的金属材料，与通常由单一主元素和低浓度次要元素组成的常规合金相比，高熵和中熵合金含有高浓度的多种元素并形成固溶体，HEA的高强度来源于位错…

高熵合金（HEA）是一种新的金属材料类别，它的性能来源于多种主要元素的存在，其中，等原子CrMnFeCoNi（所谓的Cantor）合金是所有HEA中最具特征的合金，在液氮温度下，其…

    亚稳奥氏体不锈钢(MASS)因其在低温下保持高强度和优良塑性的能力而被广泛应用于低温环境中，如低温液体的装载、运输和储存、大型强子对撞机(LHC)和国际…

粗晶奥氏体钢的力学行为和马氏体形成趋势与晶粒尺寸的变化尚未被完全揭示。此外，需要通过考虑从超细晶粒（UFG）到粗晶粒的大范围晶粒尺寸来系统研究晶粒尺寸的影响。因此，伊朗德黑兰大学工…

粗晶奥氏体钢的力学行为和马氏体形成趋势与晶粒尺寸的变化尚未被完全揭示。此外，需要通过考虑从超细晶粒（UFG）到粗晶粒的大范围晶粒尺寸来系统研究晶粒尺寸的影响。因此，伊朗德黑兰大学工…