学员学习笔记：生信第一步，Conda先Hold住

此文仅献给已能按照官网指导熟练下载生信软件的童鞋们，之所以这样说，是因为“ 万丈高楼平地起 ”——没有基础的建设，再高的楼也是空中楼阁。不论生信学习还是人生旅途，这句话勉励着前行的我，希望也能鼓励着坚持的你。

  —— 学员小C

注意 ！ 

正题开始！

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新 品 推 荐

你是否因为找不到合适资源网址而百感交集？你是否因为安装依赖包的层层阻挠而倍感焦虑？你是否因为看不懂错误提示而十级自闭？不要慌，不要怕，Conda来了。

conda原本是为了解决Python模块安装的依赖问题，然而可能是无心栽柳柳成荫，conda目前已经超越了其最初目的而存在，可以解决大多数软件的安装和配置，包括各种本身与python毫无关系的包，也就涵盖了，我们大多数的生物信息学软件。而为此conda的软件源有多种，其中专门收录了生物信息学软件的软件源，亦即bioconda。

打开搜索引擎输入miniconda（anaconda /miniconda都可），打开第一个网站，如图

根据自身电脑系统和Python版本选择安装版本，在终端下载成功后运行：

（请根据提示安装，例如：出现[yes/no] >>> ，请输入yes）并按照提示激活conda，若运行命令前出现（bash）代表已进入conda环境下

接下来进行镜像的配置：

打开搜索引擎输入Bioconda清华源，点击进入

Anaconda 仓库的镜像，运行以下命令:（此处是在Linux系统下）

如图:

在安装软件之前，我们还要做的一件事是创建一个新的存放软件的环境。不要担心，它的存在并不会影响系统的运行，而且可以跟据需要无限创建。不同的是这个小环境就像是高级机密的运作部，里面的软件同时可以访问查看其他程序，小环境外运行软件，终端就会告诉你没有安装。

如何创建小环境，例如：

创建一个名为wgs，python版本3.6的小环境

接下来让我们激活它

（此时你的运行目录前括号内会变成wgs，这就代表我们已在这个小环境里）

在以上前提下，安装cufflinks（以cufflinks为例）

很顺利的安装成功，并且你会发现以往手动安装的依赖包也帮你安装好了

接下来安装tophat

此时问题出现了，终端里会提示这样的语句：

python[version=’2.7.*,>=2.7,<2.8.0a0′]

还记得刚刚创建的小环境吗?此时，只要再创建一个Python版本为2.7的小环境进行下载，问题就迎刃而解了。

温馨提示：

先退出当前小环境再创建新环境

其他软件安装以此类推

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