最近一段时间复习免疫学期中考试，以及和Соня共同完成了联合国第二轮项目，所以一直没有更新公众号，本打算这一期更新宏基因组分析的，因为上一轮我们完成的联合国第一轮项目得了91.1分，还算是不错的成绩。不过最近看了一些关于准种进化的文献，颇有一些算法上的感触，这期就先更这个，我后面会放上我这次做的PPT，其实是几个小时以后组会上我要汇报的内容。
什么是准种进化？RNA病毒在侵入细胞以后会进行不断复制，由于RNA的突变多，有很大的可能性产生不同于模板的突变，这些突变又会继续复制。所以事实上，RNA病毒在侵入细胞以后所产生的子代病毒基因组已经有很多不同的突变类型了。因为并没有产生新的物种，所以将这群与亲代病毒不同的子代病毒成为亲代病毒的准种。2005~2008年是研究准种进化很火的时期（纳闷为什么现在没啥人研究了，而且没有人研究DNA病毒的准种），很多人将信息论的方法引入，结合达尔文进化论或者中性进化论研究了一套准种进化的分析体系，总体思想是将病毒侵入细胞后进行高通量测序，把测序的reads正确比对回参考基因组并纠错，对参考基因组和reads设置滑动窗口，通过计算基因组突变期望值，结合组合数学方法计算突变发生在基因组上的概率从而推导出由准种构成的突变空间分布。通过构建的突变空间分布进行准种的重建分析。这是RNA病毒研究准种的方法，对于DNA病毒是否有准种，我结合RNA病毒准种模型构建了一些方法，同样也是通过大量测序以观测到的基因组突变来推测总体基因组突变期望，进而利用组合数学方法计算基因组上发生突变的分布。通过大量的测序数据进行假设检验，看是否所有的某一DNA病毒在侵入细胞后都可以产生符合推断的突变分布，如果差异不显著，说明DNA病毒也具有类似的准种模型（尽管DNA病毒突变率低于RNA病毒，但是不能直接否定DNA病毒没有准种），接下来我附上我的PPT
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