对外生信教学

写在前面的

马上就要硕士开题答辩了，最近忙着写开题报告和PPT。不过硕士要求讲8分钟，我在犯愁8分钟如何能讲完我要做的东西。归纳简洁能力还是不够啊。偶尔写个推文放松放松。这次要推第4次视频课了。

本地BLAST

BLAST可以说是生物信息学中最具有里程碑式的算法。从某种意义上说BLAST之于生物信息学犹如PCR之余分子生物学。目前有90%的生物信息学内容都可以通过BLAST完成，说的很直观一些，理想状态下，不考虑时间消耗，无论是做转录组还是基因组，学会使用BLAST就可以了。当然如果只会使用BLAST，可能一个深度测序转录组数据要花1年才能纯靠BLAST搞出结果。如果用在线BLAST，可能就是一辈子了。当然，这次把本地BLAST教给Shs，主要目的就是教给他最简单最直观地分析宏基因组数据的方法。BLAST即可以做注释又可以做相似基因挖掘。我在一开始就给他做了一个宏基因组病原分析的最简单最简单的基本流程。1.获得样本测序；2.拿到测序数据后做质控；3.根据质控结果过滤数据；4.组装；5.注释；6.下游分析。只要Shs学会前5步，他回国以后就不用担心敌对国家用生物武器袭击他们了。前5步抓到病原基因组草图是绰绰有余了。而本地BLAST是最大化节约他们分析时间的方法，我教了output format 标准输出和第6版本输出（分别1和6）也告诉了他1可以看见具体的Alignment结果，6可以对每条序列Alignment大致情况做个全局查看。至于如何获得更多的信息，只能看每个人的造化了。

比较式教学的总结

这节课我采用了比较式教学，因为在线BLAST基本是每个人都知道的。大家对online版的使用方法都很熟悉，但是命令行版的可能比较陌生。我相信对于Shs来讲，他也很难去理解命令行的使用方法。所以只能通过在线BLAST的结果解读开始，让他先真正会解读BLAST结果了，然后再让他理解命令行版本的BLAST如何理解结果。其实BLAST的结果解读的核心就是query序列与subject序列的相似性比较、差异信息汇总。反映在多个指标上：identity、coverage(Alignmet length)、Mismatch、gap position。这几个信息可以分析出相当大量的衍生结果。而通过比较式教学则让Shs先从熟悉的Online BLAST出发，发现Local BLAST仅仅只是操作不同而已，其结果、关注点都是一样的，只是表现形式有了稍稍改变。这样就很快让他明白了。所以比较式教学的确是一个很好的教学方式。

写在后面的
我如果还没有记错的话，Sequences trimming部分还没有教。得找个质量不太好的数据教教他trim了。

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