蜱虫传脑膜炎病毒测序

写在前面：

蜱传脑炎病毒（TBEV）属于黄病毒科黄病毒属，是一种虫媒传播病毒，广泛存在于亚欧大陆，主要通过蜱虫叮咬传播给人类或其他动物。目前，TBEV的基因序列主要通过宿主为蜱虫的测序。临床上的测序样本很少，因为利用PCR方法鉴定有临床症状的病人样本，PCR反应结果为阴性，这在很大程度上限制了利用基因组测序获得TBEV基因序列。但是在临床样本中，往往需要对毒株进行溯源，这就要求获得临床病毒的基因序列。于是，有研究团队就一株来自瑞典的病人的样本（1993/783）和一株来自奥地利蜱的病毒进行高通量测序。意图探究两株病毒的特征，研究用多重扩增子引物对病毒进行高通量测序，因为扩增子测序在寨卡病毒的测序中的可行性得到了验证。该团队的工作也进一步证实了高通量测序在获得目标基因组序列中的关键地位。

论文信息：

发表期刊：Ticks and Tick-borne Diseases

影响因子：3.744

接下来介绍一下该研究团队所做的主要工作和结论。

表一：高通量测序使用的引物，一共使用6对引物包含了TBEV的全部基因组序列。

测序的reads序列和基因库中的基因进行比对，测序结果显示，奥地利蜱虫菌株的reads最多可以定位到KrM 93 (HM535611.1)，而1993/783菌株可以定位到NL/UH (MH021184.1)，因此，选择这两株作为参考菌株，再次对测序的reads进行有参组装。

表二：测序的reads数

从表二可以看出两株病毒的测序覆盖度均在98%以上，并且对两株病毒的基因组分析表明，两株均来自于TBEV-Eu亚型（见图一）。

图一：TBEV的系统发育树

根据系统发育分组和地理分布，已知TBEV的5个亚型:欧洲亚型、西伯利亚亚型、远东亚型、贝加尔湖亚型和喜马拉雅亚型。这五个亚型分布于欧亚大陆，分别来自欧洲、俄罗斯、日本、中国和韩国。欧洲TBEV亚型(TBEV- Eu)流行于欧洲和亚洲，从英国、法国、荷兰到俄罗斯的东西伯利亚和韩国。利用高通量测序的方法可以获得尽可能完整的基因组序列，为微生物的溯源提供了有力的证据。并且可以克服临床检测假阴性的问题，为疾病的诊断尤其是微生物感染带来了一种更为灵敏的技术。

后记：

TBEV是一种在临床患者中没办法直接用PCR的方法检测到的病原体，但是该研究团队用多重扩增子高通量测序的方法拿到了两株感染人体的TBEV的基因序列，这也进一步说明了高通量测序在临床医学的检测中发挥着重要的作用，可以克服一些普通的分子生物学方法检测的缺点，提高检测灵敏度。